Esta línea de investigación fue iniciada en 1988 con el apoyo de la Junta de Castilla y León a fin de realizar un estudio de los vertederos de residuos industriales con el objetivo de proponer ubicaciones para su instalación en dicha comunidad autónoma.
El trabajo dentro de esta línea continúa mediante un macroproyecto encaminado a conocer la calidad de las aguas de la comunidad proponiendo una red de vigilancia y examinado aquellas actividades (principalmente agrarias) que implicaban mayor riesgo tanto para las aguas superficiales como para las subterráneas. Para ello se ha examinado el papel que las garzas pueden realizar como indicadores medioambientales y se han examinado aguas, sedimentos, peces o mamíferos para comprobar la incidencia que tiene el uso de plaguicidas y venenos, así como sus productos de degradación.
Asimismo dentro de esta línea se ha examinado la persistencia y degradación de numerosos compuestos empleados en el tratamiento de plagas incluyendo acciones sobre productos de invernadero, empleando mayoritariamente metodología multirresiduo aunque en algún caso se ha desarollado tecnología de residuo único.
Acercándonos más al presente del estado de los proyectos de investigación asociados con la línea de Análisis Medioambiental, recientemente se han están estudiando soluciones para el tratamiento de la plaga de roedores que afectó con gran virulencia a la comunidad de Castilla y León ( Más Información ) así como se está llevando a cabo un examen de nuevos rodenticidas además de proponer formas más novedosas y selectivas de aplicación.
Finalmente se ha iniciado recientemente una línea de examen de los cultivos transgénicos (maíz, soja) con el objetivo de obtener los perfiles característicos y distinguir no sólo las semillas sino también los productos elaborados con ellas.